Современное состояние российской экономики показывает, что разработка инновационной политики является приоритетной задачей развития страны, поскольку, несмотря на высокий научно-образовательный потенциал, в экономике превалирует сырьевой экспорт, а показатель наукоемкости большей части российской промышленности существенно ниже, чем в США и ЕС. Россия также недостаточно представлена в мировой науке, что является одним из главных показателей качества проводимых исследований. Так, на долю России в 2008 году приходилось всего 2,48% общемирового числа публикаций в научных журналах, индексируемых в базе данных Web of Science, тогда как на Францию - 5,53%, на Германию - 7,5%, на Китай - 9,69 процента. Россия по данному показателю находится на уровне Бразилии (2,59%) и Нидерландов (2,46 процента). При этом для российской науки характерны низкая интенсивность работы ученых (в 2008 г. на 100 исследователей приходилось 6 публикаций в научных журналах, индексируемых в Web of Science, в Великобритании - 33, Германии - 29, США - 23), а также в среднем более низкое качество работ (если доля России в общемировом количестве публикаций в научных журналах равна 2,48%, то ее доля в общемировом числе цитирований в научных журналах составила за 2004 - 2008 годы лишь 0,93 процента).

Значительный рост бюджетных расходов в 2004-2008 гг. не привел к существенному повышению инновационной активности отечественной промышленности, ее уровень, достигнув максимума в 2004 году (10,5%), затем стабилизировался на отметке 9,4-9,6%, и лишь в 2009 году вырос до 10%, а удельный вес инновационных товаров, работ, услуг в общем объеме отгруженных товаров, выполненных работ, оказанных услуг, в течение последнего десятилетия не превысил 5,5 процента. Объем бюджетного финансирования деятельности государственных фондов в научно-технической сфере составил в 2010 году 10,4 млрд. рублей.

Мировой экономический кризис 2008-2009 гг. осложнил реализацию поставленных целей, привел к сокращению расходов частного бизнеса на инновации и обострил структурные дефекты российской инновационной системы.

Основные меры по развитию прикладной науки реализуются в основном в рамках федеральных целевых программ, направленных на развитие инновационных разработок в приоритетных секторах экономики.

В целом на федеральные целевые программы приходится около 8,1% расходов федерального бюджета, из них на наукоемкие - всего около 1,7% бюджетных расходов в 2010 году. При этом доля "междисциплинарных" федеральных целевых программ (исследования и разработки, НТБ, инфраструктура наноиндустрии, научно-педагогические кадры) невелика и постоянно снижается. На них приходится всего 2,6% инновационных расходов бюджета и в условиях оптимизации 2009 года именно эти программы подверглись наибольшему сокращению (в 2008 году их доля составляла 3,6 процента).

С другой стороны, наукоемкие отраслевые программы, нацеленные на развитие технологий в отдельных приоритетных секторах (авиастроение, судостроение, космос, ядерный комплекс, новые транспортные технологии, средства телекоммуникации, решение проблемы удаленного доступа, торговля, информационная безопасность, универсализация услуг), получили в последние годы опережающее развитие по сравнению с междисциплинарными технологическими и научными федеральными целевыми программами. Так, расходы федерального бюджета по этим направлениям в 2009 году выросли в 2,2 раза и на них приходится около 25,9% инновационных расходов бюджета (против 11,9% в 2008 году).

В 2011-2013 гг. будет обеспечено финансирование наиболее важной междисциплинарной федеральной целевой программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2012 годы" на уровне, достаточном для выполнения основных показателей программы, в рамках которой финансируются как НИОКР поискового характера, так и работы по заказу бизнеса по приоритетным направлениям развития науки и техники. В то же время будет обеспечена перегруппировка затрат и уточнение задач федеральных целевых программ научно-технологического профиля. В частности, проведение НИОКР в рамках новой редакции указанной федеральной целевой программы будет увязано с результатами деятельности технологических платформ по наиболее перспективным направлениям развития науки и технологий, в рамках которых государство, высокотехнологичный бизнес совместно с научным сектором и сферой высшего образования будут определять направления проведения соответствующих работ.