Отдельные функции управления государственными информационными ресурсами могут осуществляться по различным схемам. Так, функции координации и методического руководства организацией защиты государственных информационных ресурсов всех уровней возлагаются на ФАПСИ при участии Гостехкомиссии России (в части некриптографических методов и средств защиты информации).

Организация управления государственными информационными ресурсами может модифицироваться в соответствии с изменениями задач и структуры государственного управления в целом или в ее отдельных частях. Например, в особый период основной целью государственного управления информационными ресурсами становятся оперативное представление Президенту Российской Федерации, высшим органам государственной власти Российской Федерации, Совету Безопасности Российской Федерации специальной информации, необходимой для принятия решений в области безопасности, обороны, мобилизационной готовности и связанных с этими проблемами вопросам, а также обеспечение информационной безопасности информационных и телекоммуникационных сетей и баз данных. В связи с этим, в особый период координация и управление основными государственными информационными ресурсами возлагается на ФАПСИ.

Как указывалось выше, в органах и организациях различной ведомственной и территориальной принадлежности, принадлежащих к разным уровням управления, методы управления государственными информационными ресурсами должны быть совместимыми и соответствующими единой государственной политике в области управления государственными информационными ресурсами.

В связи с этим общая координация работ по управлению государственными информационными ресурсами и методическое обеспечение этих работ должны быть возложены на федеральный орган исполнительной власти, отвечающий за проведение государственной политики и осуществляющим управление в области информатизации, а также координацию в этой сфере иных федеральных органов исполнительной власти. С учетом существующей нормативной базы, таким органом целесообразно определить Министерство Российской Федерации по связи и информатизации.